अमरनाथ यात्रा में पर्यावरण संरक्षण और स्वच्छता पर विशेष ध्यान दिया जा रहा है। सनातन धर्म में आस्था के प्रतीक इस यात्रा मार्ग को कचरा मुक्त बनाने का अभियान चल रहा है। यात्रा मार्ग में पड़ने वाली पहाड़ियों और नदियों को सिंगल यूज़ प्लास्टिक से मुक्त किया जा रहा है। इस कार्य में इंदौर के एक एनजीओ की मदद ली जा रही है।