योगिनी एकादशी पर जाने-अनजाने हुए पापों से मुक्ति के लिए पूजन विधि और उपाय बताए गए हैं. ज्योतिष के जानकारों के अनुसार, "योगिनी एकादशी के दिन भगवान विष्णु का ध्यान, उपासना और उनके मंत्रों का यथाशक्ति जाप करके बड़े से बड़े पाप का नाश किया जा सकता है" इस दिन गजेंद्र मोक्ष और गीता के ग्यारहवें अध्याय का पाठ, पीपल के पौधे लगाना, और निर्धनों को अन्न, वस्त्र या धन का दान करना उत्तम माना गया है.