पाकिस्तान अपनी कथित इस्लामिक आतंकवाद की नीति के कारण अंदरूनी संकट का सामना कर रहा है, जहां बलूचिस्तान, सिंध, खैबर पख्तूनख्वा और पीओके/गिलगित बाल्टिस्तान में पाकिस्तानी फौज और सरकार के खिलाफ विद्रोह हो रहा है. खैबर पख्तूनख्वा में स्थानीय पुलिस ने सेना को सीधी चुनौती देते हुए कहा, "तुम्हारा जनरल भी आ जाए तो कुछ नहीं कर पाएगा. तुम्हारे जनरल को हम जूते की नोंक पर रखते हैं" बलूचिस्तान में दशकों से आजादी की जंग जारी है और सिंध में पानी के बँटवारे को लेकर भारी असंतोष है, जिससे पाकिस्तान में गृहयुद्ध जैसे हालात बनते दिख रहे हैं.
