योगिनी एकादशी के दिन प्रातःकाल स्नान करके सूर्य देवता को जल अर्पित करें . इसके बाद पीले वस्त्र धारण करके भगवान विष्णु की पूजा करें. उन्हें पीले फूल , पंचामृत और तुलसी दल अर्पित करें . इसके बाद श्री हरि और माँ लक्ष्मी के मन्त्रों का जाप करें . किसी निर्धन व्यक्ति को जल का , अन्न-वस्त्र का , या जूते छाते का दान करें . केवल जल और फल ग्रहण करके ही उपवास रखें. अच्छे स्वास्थ्य और मानसिक समस्याओं से मुक्ति के लिए एकादशी का उपवास रखें. प्रातः और सायं श्री हरि की उपासना करें. गजेन्द्र मोक्ष का पाठ करना सर्वोत्तम होगा या भगवद्गीता के ग्यारहवें अध्याय का पाठ करें, इस दिन पीपल का पौधा लगाएं. और निर्धनों को अन्न, वस्त्र या धन का दान करें.